碳排放權在法律意義上來說，可以看作一種產權，盡管世界各國還沒從法律上給予它明確的產權屬性。國家根據規則，將允許排放的氣體總量分解并以污染許可證的形式分配到各地區，各地區再將許可證分配到各污染源，這就是總量控制的方法。碳排放權通過許可證的形式予以界定。鑒于碳排放權的特殊性，它的分配直接影響整個碳交易市場的運行，所以在一級市場，即碳排放權的初始分配上，要解決公平和效率兩個問題。

根據歐盟及其他國家的經驗，碳排放權的初始分配有有償分配和無償分配兩種：有償分配是企業通過購買取得排放權，企業擁有的排放權總量取決于它的購買量；無償分配即“祖父分配法”，基于企業的歷史排放量或相應的可以印證排放量的相關數據，或者在歷史數據無法取得的情況下根據目前的排放量推算，來確定分配給每一個企業或者其他個體的碳排放權數量。

根據科斯第二定理，在市場交易費用為正的情況下，合法權利的初始界定會對經濟制度運行的效率產生影響，即不同的產權界定會帶來不同效率的資源配置。鑒于此，碳排放權的初始分配要做到盡可能公平、公正。

許可證分配有有償分配和無償分配兩種方法，目前在中國均有試點（排污權試點）。有償購買（通常采用拍賣方式）不但更能體現企業之間的公平性，而且拍賣所得可以形成碳基金用于碳交易制度的推廣。無償分配以政府主導的方式快速推行碳交易制度，效率較高。不過，有償分配會增加企業的成本，且容易形成壟斷；而無償分配的分配成本較大，且容易造成尋租現象。國際通行做法是無償分配為主，輔之以有償分配。比如美國的二氧化硫排污權分配制度，大部分是免費發放到污染排放源。但考慮到公平問題，有償原則或將成為未來碳交易排放權分配模式的主要發展方向。

中國碳交易市場正處于雛形階段，可以采用無償分配的方式，快速建立市場，之后再讓配額在市場交易機制下流通，以兼顧公平與效率。

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