《辦法》規定碳排放配額分配以免費分配為主，可以根據國家有關要求適時引入有償分配。我國碳交易市場目前處于起步階段，免費發放配額可以有效避免在碳市場建立初期對經濟發展產生過大的負面影響，是排放企業在市場設立初期接受程度最高的配額發放方式。首次納入的發電行業，在《2019-2020 年全國碳排放權交易配額總量設定與分配實施方案》中還特地規定，在配額清繳相關工作中設定配額履約缺口上限，其值為重點排放單位經核查排放量的20%，即當重點排放單位配額缺口量占其經核查排放量比例超過20%時，其配額清繳義務最高為其獲得的免費配額量加20%的經核查排放量，為配額缺口較大的重點排放單位降低履約負擔，可見政策初期對于減排負擔較重企業的呵護。但長遠看，免費發放配額有悖于污染者付費的環境法基本原則，容易導致碳價失靈，高排放主體擔責較輕而起不到較好約束作用，配額價值不能通過市場交易彰顯，導致碳市場交易規模小、市場活躍程度不足。從歐盟市場和國內7大試點運行的經驗來看，配額拍賣因其市場效率必然成為未來趨勢，免費發放+拍賣相結合的配額分配是未來碳市場發展方向，拍賣份額可隨著市場完善程度逐步提高。免費或者低價的碳配額政策，無法強勁的助力清潔低碳技術投資。