一是全市范圍內實施的一致性稅額對主體功能區空間需求差異考慮不足。根據規定，2018年~2020年，重慶對全市氣體污染物和液體污染物分別征收2.4元和3元每當量的環保稅稅額；從2021年起，對全市氣體污染物和液體污染物分別征收3.5元和3元每當量的環保稅稅額。然而，重慶市內不同主體功能區功能定位不同，區域內的經濟發展水平、人口分布狀況以及生態環境保護能力等區情迥異。當前，在全市范圍統一征收的一致性稅額，實際上是沒有考慮主體功能區空間需求差異的“一刀切”式環保稅。這種“一刀切”式的環保稅，不利于從區域層面營造公平的稅收環境，不同主體功能區以及區域內的企業應對措施就顯得參差不齊，且主體功能區之間的板塊聯動、資源配置優化和整體效能的發揮受到了極大影響。例如，重慶主城、渝西片區及渝東南片區承擔著不同主體功能區的發展定位和發展任務，而現行環保稅稅額的設定未考慮此類區域發展戰略定位差異，拉大了區域綠色發展差距。

二是流域一體化視角下環保稅制度設計的協同機制不完善。我國現行環保稅由中央政府立法，地方政府根據各地情況自行制定本省市具體稅額，因而往往忽視了環保稅在跨省級行政區域尤其是跨省級流域上的協同合作。如三峽庫區范圍主要涉及重慶和湖北兩地，從全流域視角來看，隸屬重慶和湖北兩地的三峽庫區實際上是一個不可分割的完整地理單元。然而，上述區域現行環保稅皆以傳統行政區為基本單元，環保稅額標準各異。

其中，重慶對全市氣體污染物和液體污染物分別征收2.4元和3元每當量的稅額；湖北則對全省廢氣中的二氧化硫和氮氧化物征收2.4元每當量的稅額，其余氣體污染物征收1.2元每當量的稅額，廢水中的化學需氧量、氨氮、總磷和5項主要重金屬征收2.8元每當量，其余液體污染物征收1.4元每當量的稅額。重慶是保障三峽庫區補水和水質的關鍵地段，與湖北省相比，重慶環保稅在污染物稅額和污染物細化層面上都與重慶特殊區情不太相稱，不利于推進流域整體性的生態環境治理。

三是全市環保稅對特殊污染物稅額設定缺少精細化。重慶現行環保稅僅按氣體污染物和液體污染物的總體排放量征稅，未加以細化分類。由于不同類型的氣體污染物和液體污染物對環境的破壞作用不盡相同，這種相對單一的稅種設定不利于分類施策和精準治理。以上海、天津和湖北等地為例，不僅分別對二氧化硫、氮氧化物、化學需氧量和氨氮等進一步細化了環保稅種，且對環境破壞較大的氣體和液體污染物設置了更高的稅率。當前，相對粗放型和籠統化的環保稅，在很大程度上避開了越來越占據污染來源絕大多數的特殊污染物。