根據碳基金的設立方式不同，碳基金想要達成的目標也有所不同。由政府設立的碳基金不管其運營方式、目標基本相同。主要是希望通過CDM項目購買的方式，縮小本國《京都議定書》的目標與國內潛在減排量之間的差距。同時這些碳基金還要幫助企業和公共部門減少二氧化碳的排放，提高能源效率和加強碳管理，并且投資低碳技術的研發。而由世界銀行參與設立和管理的碳基金都打有世行政策的烙印。這些碳基金不僅要完成本國的目標，還要與世界銀行合作完成其戰略目標。要求促進高質量的減排，為可持續發展和降低《京都議定書》造成的成本做出貢獻。促進知識的傳遞，為參與者提供干中學的機會，使參與者學習到CDM和JI框架下學習發展所需的政策、規定和商業運行方式。促進國有與私營合作的模式，詮釋世界銀行的國有與私營合作模式是如何通過市場機制使資源配置更有效率。還要確保碳基金參與者與宗主國之間由于減排項目帶來的其他收益、利益分享均衡。由企業出資的碳基金則主要為了從購買CDM項目并轉賣中獲取利潤。