就核查機構而言，大部分試點通過政府出資，為企業分配相應的核查機構。這樣的方式在碳市場初期能降低企業的參與成本，提高企業參與碳市場的積極性，同時也避免了企業和核查機構的利益關聯，保證核查的客觀、獨立和公正。而深圳則率先采取了企業出資，自主選擇核查機構的方式，北京在2015年也采取了該方式分配核查機構。企業出資自主選擇核查機構的方式也是EU ETS等碳排放權交易體系采取的方式。在這種方式下，核查機構的核查能力、報告質量、數據準確性將是核心競爭要素，是碳排放權交易向市場化邁進的重要一步。這種方式有助于核查機構的良性競爭，促進其業務水平的提高，但由于核查機構較多，也容易出現核查機構間的惡性競爭、標準難以統一等問題。為此，北京和深圳對核查機構進行了嚴格規范。